Históricamente, la administración del Tahuantinsuyo era vertical y se basaba en un orden jerárquico establecido como una pirámide. En la cabeza estaba el inca, quien tomaba todas las decisiones y tenía la última palabra. Debajo de él estaban los cuatro suyuyoc-apu, que eran los gobernantes de cada uno de lo suyos. Luego venían varios consejeros que asesoraban al inca en temas militares, económicos, sociales y religiosos.
Cada uno de los cuatro suyos (Chinchaisuyo al norte, Contisuyo al oeste, Collasuyo al sur y Antisuyo al este del Cusco), se dividía en provincias o huamanis regidos por los apos (jefes). Estos a su vez se descomponían en sectores llamados sayas, gobernados por los tocricoc, hombres de confianza, honrados y trabajadores que rendían las cuentas de cada saya al suyuyoc-apu. Finalmente, las sayas se fragmentaban en ayllus, cuyo líder era el cacique o curaca.
Cada ayllu en tiempo de los incas estaba conformado por cerca de cien familias, que creían tener un antepasado común y contaban con tierras colectivas o tupus.
Por su parte, el pueblo se constituyó en diversos grupos que desempeñaban una función específica. La gran masa campesina en el imperio inca era formada por los hatun runas (también eran artesanos); luego estaban los mitmaq, que eran súbditos llevados por orden del inca para que colonicen zonas conflictivas; de ahí venían los pescadores y finalmente los yanas, quienes eran utilizados como servidumbre de élite.