Waldir Sáenz se formó en Alianza Lima, club en el cual debutó y donde además es el goleador histórico con 178 goles, superando a Teófilo Cubillas. Aunque el delantero es identificado con el equipo íntimo, tuvo un corto paso por Sporting Cristal luego de su estadía en Unión de Santa Fe de Argentina.
Waldir fue invitado como panelista al programa ‘Campeonísimo’ y recordó el corto tiempo en el cual defendió la camiseta celeste: “Su gente, bien. Son fríos como dicen, pero es el ADN de la institución. Estás en Alianza Lima o Universitario es muy distinto, es otro ambiente. Son respetuosos y en infraestrutura, espectacular”.
El goleador también recordó que Juan Carlos Oblitas lo pidió como refuerzo, pero que en la visita a Matute para enfrentar a Alianza Lima, el técnico lo sacó de la lista de convocados: “Yo le dije por qué no pones. Juan Carlos se orinó”.
Luego de jugar apenas 22 partidos con Sporting Cristal, Waldir retornaría a Alianza Lima el 2001 para campeonar en el año del centenario del club. ‘Wally’ anotó el tanto de penal con el que Alianza venció en la final a Cienciano.
Tras su salida de Alianza Lima el 2005 y su vuelta el 2008, Waldir defendió las camisetas de Sport Boys (club con el que lograría el ascenso a Primera División) y Walter Ormeño.